Hola Cyn!
Lo primero que se me ocurre al leer tu experiencia, es que la siembra la hiciste a contramano por donde la mires. Paso a explicarme.
Las condiciones ideales para que germinen la mayoría de las semillas de cactus y que las plántulas salgan adelante, es cuando tratamos de acompañar a la naturaleza y en todo caso mejorar las condiciones, sin intervenir demasiado.
Por eso lo ideal en la mayoría de los casos, es sembrar cuando termina el invierno, cuando llega la primavera y nos quedan muchos meses con temperatura cálida por delante para aprovechar la energía que trae la misma semilla y que crezcan lo más posible antes que llegue el próximo invierno.
Por lo que decís, sembraste en marzo, que es cuando está terminando la época cálida y tuviste un alto porcentaje de germinación.
Luego las plántulas, sobrevivieron el invierno siendo demasiado chicas y cuando comenzaba su época de crecimiento, las repicaste en vez de dejarlas crecer y con esa acción paraste el crecimiento, porque eguramente las raices se dañaron en el traslado/repique y esa fue una ventana abierta para que entraran hongos o lo que haya sido que las mató.
Yo también he sido muy ansiosa, por eso te entiendo, pero si querés que los semilleros salgan adelante, es mejor que primero averigües que tipo de planta es la que vas a sembrar y luego sigas algunos lineamientos básicos, acompañando, sin intervenir demasiado.
Saludos,
Silvina