Hola Amigo, a ver si entendi, vos lo que queres es separar las semillas?
bueno si es este el caso podrias tamizar primero con una maya fina cosa que solo pasen las semilla y lo que sea sustrato fino, luego una ves bien seco, espolvorear con algo de viento sobre una tela y seguro las semillas seran mas livianas que el resto y se iran a un costado
podrias tb una ves seco poner en agua y ver si flotan como vos decis revolviendo y colando, ya que el sustrato se disolveria en el agua y las semillas quedarian en en colado,( con alguna tela)
Espero tengas suerte
fabian