Hiciste bien: no hay problema en manipularlas: cuanto + chiquitas, + aguantan.
Eso pasa porque cuando 'tirás' la semilla, algunas caen con el hilio para arriba.
Es divertido ver como las + vigorosas, se van dando vuelta hasta quedar en la posición 'correcta'.
Podés presionar suavecito o cubrirlas con una capa de sustrato aprox del mismo espesor q' la semilla en cuestión.
Creo que te ya te lo había comentado en privado: salvo que la semilla sea muy pulverulenta, me tomo un ratito más y hago hoyitos (lo más equidistantes que puedo) y deposito una semilla en cada uno: las 'paredes' del hoyito les dan sostén mientras la raíz se orienta como debe ;-). Complicado de describir con palabras: la próx vez que siembre, saco unas fotos. Me da buen resultado porque no tengo que 'reubicarlas' después como hiciste vos y quedan suficientemente separadas como para que no se molesten entre ellas y sean fáciles de separar para repicar/transplantar.
Buena observación la de la raíz y el sostén!!!
Abrazos
Flavia